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在循环冷却水系统中，无论是藻类、细菌还是真菌，它们的生长或繁殖都需要特定的生活条件。例如，需要碳源、氮源、磷源、一些无机离子、一些代谢产物（维生素、氨基酸）、能源和生命过程的温度。只要切断某些生存条件，这些微生物的生存和繁殖就会受到抑制，甚至死亡。然而，在循环冷却水系统中，微生物的生存和繁殖条件都很好。因此，抑制这些微生物繁殖的最有效方法是添加杀菌剂。杀菌剂根据杀灭微生物的程度分为两类。
（1） 微生物bit杀菌剂
这些是具有强烈杀伤作用的化学药剂。它们能在短时间内产生各种生物效应，并能真正杀死相关微生物。一般来说，它们大多是强氧化剂，经常以冲击方式添加到循环冷却水系统中，通常毒性更大。
（2） 微生物抑制剂
这类药物不能杀死循环冷却水中的大量微生物，但可以阻止它们的繁殖，防止它们发展到系统故障的程度。这种药剂的毒性比杀生物剂小。
根据杀生物剂的化学成分，它们可分为无机和有机杀生物剂。例如，氯、溴、二氧化氯、臭氧和次氯酸钠是无机杀菌剂；氯酚、季铵盐、氯胺和大蒜素是有机杀菌剂。根据杀菌剂的杀菌机理，一般可分为两类：氧化型和非氧化型杀菌剂。例如，氯、次氯酸钠、溴、臭氧和氯胺是氧化杀菌剂；季铵盐和二硫代氰甲烷是非氧化杀菌剂。